Wie im Prinzip jeder operative Eingriff birgt auch das Laserverfahren des Augenlaserns für den Patienten gewisse Risiken. So besteht das Risiko im Rahmen des Lasik-Verfahrens in erster Linie in dem als „Flap“ bezeichneten Vorgang des operationsbedingten Hornhauteinschnittes, da dieser im Regelfall nicht wieder derart fest zusammenwächst, wie es vor der Operation der Fall war. So kann beispielsweise schlimmstenfalls geschehen, dass sich die ehedem geschnittene Hornhautlamelle nach einem Sportunfall oder durch eine andere mechanische Einwirkung von außen ablöst und nie wieder anwächst. Des Weiteren können häufiger auftretende Nebenwirkungen als Lasik Risiko bezeichnet werden. So kann es neben einem Missempfinden im Bereich der gelaserten Hornhaut insbesondere in der Nacht zu einem Blendungsgefühl und zur Abschwächung der Sehfähigkeit kommen. Darüber hinaus besteht das Lasik Risiko der Über- bzw. Unterkorrektur, die sich anhand diverser Beschwerden kurz-, aber mitunter auch langfristig negativ bemerkbar machen kann. Dieser Mangel lässt sich jedoch durch eine nachträgliche Operation in der Regel problemlos beheben.

Manche Menschen leiden nach einer Lasik-Behandlung an einer gestörten Heilung der Wunde, andere wiederum an allgemein trockenen Augen. Die Blendungserscheinungen, die auf Grund der Verdichtung des Gewebes, sowie durch Ablagerungen entstehen, können medikamentös zumeist erfolgreich behandelt werden. Zudem birgt die Lasik das Risiko, dass sich die Hornhaut aufweicht und verwölbt. Letzteres ist für die Entwicklung der Augenkrankheit Keratektasie charakteristisch.

Um das Lasik Risiko zu minimieren, ist es daher empfehlenswert, sich vor der Planung der Augenoperation genauestens mit den in Frage kommenden Instituten auseinanderzusetzen und erst nach reiflicher Überlegung seine Wahl zu treffen. Bezüglich des Lasik-Verfahrens existieren verschiedene Zertifikate, die dem behandelnden Arzt oder dem Laserzentrum die zur Ausführung von Lasik-Operationen am Auge nötige fachliche Kompetenz bescheinigen. So gibt es beispielsweise das ISO 9001.2000 TÜV-Zertifikat, das als prozessorientiertes Qualitätsmanagementsiegel branchenübergreifend verliehen wird. Es sollte diesbezüglich jedoch beachtet werden, dass dieses Zertifikat lediglich die Qualität des Prozesses reflektiert und kein Urteil über die Güte der medizinischen Behandlung oder über die technische Qualität der Ausstattung darstellt. Daher existiert seit dem Jahr 2006 als Weiterführung des TÜV ISO 9001.2000 ein spezieller Lasik-TÜV, der ausschließlich an Lasik-Zentren vergeb en wird. Dieser besondere Lasik-TÜV ist eine Dienstleistung des TÜV SÜD und folgt weitaus strengeren Kriterien.